Jak przygotować przedsiębiorstwo do elektronicznej kontroli podatkowej?

Dla przedsiębiorcy oznacza to zmianę sposobu przygotowania do kontroli. Nie wystarczy przechowywać faktur w folderze na komputerze. Dokumenty muszą być prawidłowo zaksięgowane, powiązane z ewidencją i dostępne w formacie umożliwiającym ich przekazanie organom podatkowym.

Elektroniczna kontrola podatkowa nie musi oznaczać większej liczby formalności. Firma, która na bieżąco porządkuje dokumentację i korzysta z odpowiednio skonfigurowanego programu księgowego, może przygotować wymagane dane znacznie szybciej niż przedsiębiorstwo prowadzące ewidencję w kilku niepołączonych systemach.

Na czym polega elektroniczna kontrola podatkowa?

Elektroniczna kontrola polega na wykorzystaniu danych cyfrowych do sprawdzania prawidłowości rozliczeń podatkowych przedsiębiorcy.

Organy skarbowe mogą analizować między innymi ewidencje VAT, księgi rachunkowe, faktury, dokumenty magazynowe oraz informacje o transakcjach z kontrahentami.

Podstawowym narzędziem jest Jednolity Plik Kontrolny, czyli JPK. To ustandaryzowany zbiór danych zapisanych w formacie XML, który pozwala przetwarzać informacje z różnych systemów księgowych według wspólnych zasad.

Dzięki temu urząd może sprawdzić dużą liczbę zapisów, porównać kwoty i wykryć potencjalne niezgodności.

Przykładowo przedsiębiorca wykazuje zakup materiałów budowlanych o znacznej wartości. W trakcie weryfikacji urząd może porównać dane z ewidencji VAT z fakturami, dokumentacją zakupową i innymi informacjami dotyczącymi transakcji.

Jeśli pojawią się rozbieżności, przedsiębiorca może zostać poproszony o ich wyjaśnienie.

Nie każda taka weryfikacja jest jednak formalną kontrolą podatkową. Administracja skarbowa korzysta również z czynności sprawdzających, postępowań podatkowych oraz kontroli celno-skarbowych. Poszczególne procedury różnią się zakresem uprawnień urzędu, sposobem wszczęcia i prawami podatnika.

Jakie dokumenty mogą być wymagane podczas kontroli?

Zakres dokumentów zależy od przedmiotu weryfikacji, rodzaju działalności i sposobu prowadzenia księgowości.

W przypadku firmy handlowej urząd może zainteresować się zgodnością faktur z dokumentami magazynowymi. W przedsiębiorstwie usługowym większe znaczenie mogą mieć umowy, protokoły odbioru prac i dokumenty potwierdzające wykonanie usług.

Nie oznacza to obowiązku przekazywania wszystkich danych przedsiębiorstwa przy każdej kontroli.

Przepisy przewidują konkretne struktury JPK, które organy podatkowe mogą żądać w określonych sytuacjach.

Są to struktury JPK na żądanie. Obowiązek ich przekazania dotyczy podatników prowadzących odpowiednie księgi i wytwarzających dokumenty księgowe w formie elektronicznej, w zakresie wskazanym przez organ.

Odrębnie funkcjonują okresowe raportowanie JPK_VAT oraz nowe struktury JPK dotyczące podatków dochodowych. Nie należy traktować ich jako jednego, uniwersalnego pliku obejmującego wszystkie informacje o firmie.

Porządek w dokumentach jest ważniejszy niż sam format pliku

Najczęstszym problemem podczas przygotowania danych nie jest wygenerowanie pliku XML, ale niezgodność informacji między dokumentami.

Wyobraźmy sobie firmę, która korzysta z trzech systemów. Sprzedaż prowadzi w sklepie internetowym, faktury wystawia w oddzielnej aplikacji, a księgowość obsługuje biuro rachunkowe.

Jeżeli dane nie są regularnie uzgadniane, może się okazać, że część korekt sprzedaży nie trafiła do księgowości albo kilka faktur zostało wprowadzonych dwukrotnie.

Podczas elektronicznej analizy takie rozbieżności mogą zostać wykryte stosunkowo łatwo.

Dlatego przygotowania warto zacząć od porównania danych źródłowych z ewidencjami podatkowymi.

Sprawdzenia wymagają przede wszystkim:

Nie chodzi o to, aby wszystkie systemy przechowywały identyczny zestaw informacji. Ważne, żeby dane można było ze sobą powiązać i wyjaśnić ewentualne różnice.

Czy skany faktur wystarczą podczas kontroli?

Nie zawsze.

Skan faktury może być dokumentem potwierdzającym transakcję, jeśli jest przechowywany zgodnie z właściwymi wymaganiami. Nie zastępuje jednak danych ewidencyjnych, które trzeba przekazać w odpowiedniej strukturze JPK.

Podobnie plik PDF nie jest tym samym co faktura ustrukturyzowana w KSeF.

Firma powinna przechowywać dokumenty w sposób zapewniający ich autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność oraz możliwość łatwego odszukania.

Nie ma potrzeby drukowania wszystkich faktur elektronicznych wyłącznie na wypadek kontroli. Znacznie ważniejszy jest sprawny dostęp do oryginalnych danych i odpowiedniej dokumentacji.

KSeF a elektroniczna kontrola podatkowa

Krajowy System e-Faktur zwiększa znaczenie prawidłowego obiegu dokumentów elektronicznych.

Faktury ustrukturyzowane są przechowywane w centralnym systemie, a administracja skarbowa może wykorzystywać dostępne w nim informacje w ramach ustawowych uprawnień.

Nie oznacza to jednak, że KSeF zastępuje księgowość albo że urząd automatycznie zna wszystkie okoliczności każdej transakcji.

Faktura potwierdza określone dane sprzedażowe, ale nie zawsze wystarcza do wykazania, że usługa rzeczywiście została wykonana albo że zakup miał związek z działalnością gospodarczą.

Przykładowo firma budowlana otrzymuje fakturę za wykonanie instalacji elektrycznej. Podczas kontroli może być potrzebna również umowa z podwykonawcą, protokół odbioru robót lub inna dokumentacja pozwalająca potwierdzić zakres wykonanej usługi.

Dlatego dokumenty z KSeF powinny być odpowiednio powiązane z pozostałą dokumentacją przedsiębiorstwa.

Przydatne jest przechowywanie numerów identyfikujących faktury w KSeF oraz ich przypisywanie do zapisów księgowych, projektów i zamówień.

Szczególnej kontroli wymagają także faktury korygujące. Dokument pierwotny i korekta powinny być prawidłowo połączone, a ich skutki uwzględnione we właściwych okresach podatkowych.

Nowe obowiązki związane z elektronicznymi księgami

Cyfryzacja kontroli podatkowej nie ogranicza się do JPK_VAT i KSeF.

Wprowadzane etapami przepisy dotyczące JPK dla podatków dochodowych wymagają od kolejnych grup przedsiębiorców prowadzenia ksiąg i ewidencji przy użyciu programów komputerowych oraz przekazywania ich w ustrukturyzowanej formie.

Obowiązek obejmuje odpowiednio księgi rachunkowe, podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencję przychodów oraz ewidencje środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych.

Harmonogram zależy od rodzaju podatnika i sposobu rozliczania VAT.

Najwięksi podatnicy CIT oraz podatkowe grupy kapitałowe zostali objęci pierwszym etapem. Dla kolejnych przedsiębiorców, w tym części podatników PIT i CIT rozliczających VAT miesięcznie, obowiązki związane z elektronicznym prowadzeniem ksiąg weszły w życie od początku 2026 roku. Następna grupa zostanie objęta nimi od 2027 roku.

Oznacza to, że firma przygotowująca się do kontroli powinna sprawdzić nie tylko możliwość generowania dotychczasowych struktur JPK, ale również obsługę nowych plików JPK_PD przez swój program księgowy.

Szczególne znaczenie ma aktualność oprogramowania. Starsza wersja programu może prawidłowo wystawiać faktury, ale nie obsługiwać nowych wymagań dotyczących struktury ksiąg.

Jak sprawdzić, czy program księgowy jest gotowy do kontroli?

Sam fakt, że firma korzysta z elektronicznej księgowości, nie gwarantuje możliwości prawidłowego przygotowania wszystkich wymaganych danych.

Program powinien pozwalać wygenerować struktury JPK właściwe dla danego rodzaju ewidencji. Trzeba też sprawdzić, czy eksport obejmuje pełny wskazany okres i czy zachowuje powiązania między dokumentami.

Przykładowo przedsiębiorstwo korzystało przez dwa lata z jednego programu księgowego, a następnie przeniosło dane do innego systemu. Jeśli nowa aplikacja zawiera tylko bieżące dokumenty, może nie być możliwe wygenerowanie kompletnego JPK za wcześniejszy okres.

Dlatego przy zmianie oprogramowania nie wystarczy przenieść sald początkowych i bazy kontrahentów. Należy zachować dostęp do historycznych ksiąg oraz danych niezbędnych do odtworzenia wcześniejszych rozliczeń.

Przed kontrolą można wykonać próbny eksport JPK, a następnie sprawdzić poprawność pliku za pomocą dostępnych narzędzi walidacyjnych.

Warto przetestować również eksport danych magazynowych, jeśli firma prowadzi taką ewidencję elektronicznie. Dokumenty PZ, WZ i przesunięcia międzymagazynowe powinny odpowiadać rzeczywistym operacjom.

Program sprzedażowy, który pokazuje poprawne raporty na ekranie, nie zawsze umożliwia przygotowanie wszystkich wymaganych struktur kontrolnych. Tę funkcję najlepiej sprawdzić jeszcze przed otrzymaniem wezwania.

Ile czasu firma ma na przekazanie dokumentów?

Przy żądaniu przekazania struktur JPK w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego organ określa termin udostępnienia danych.

W przypadku JPK na żądanie termin ten wynosi co do zasady nie mniej niż 3 dni.

Nie oznacza to, że każda firma musi dostarczyć wszystkie dokumenty dokładnie w ciągu trzech dni. Zakres żądania i termin jego realizacji powinny wynikać z wezwania.

Jeśli przedsiębiorca nie jest w stanie przygotować danych w wyznaczonym czasie, np. z powodu dużej liczby dokumentów lub awarii systemu, może wystąpić o przedłużenie terminu, odpowiednio uzasadniając wniosek.

Nie należy jednak ignorować wezwania ani zakładać, że problemy techniczne automatycznie zwalniają z obowiązku przekazania informacji.

Dobrym rozwiązaniem jest wcześniejsze wyznaczenie osoby odpowiedzialnej za kontakt z urzędem. W małej firmie może to być właściciel lub księgowy, natomiast w większym przedsiębiorstwie często potrzebna jest współpraca działu finansowego i IT.

Bezpieczeństwo danych podczas elektronicznej kontroli

Dokumentacja księgowa zawiera informacje o kontrahentach, transakcjach, wynagrodzeniach i sytuacji finansowej przedsiębiorstwa.

Dlatego przygotowanie do elektronicznej kontroli powinno obejmować również zabezpieczenie danych.

Przede wszystkim należy ograniczyć uprawnienia pracowników do informacji potrzebnych im w codziennej pracy. Osoba odpowiedzialna za wystawianie faktur nie musi mieć możliwości modyfikowania historycznych zapisów księgowych.

Warto również prowadzić historię zmian. System powinien umożliwiać ustalenie, kto wprowadził dokument, kiedy go zmodyfikowano i na jakiej podstawie wykonano korektę.

Znaczenie mają także kopie zapasowe. Jeśli firma utraci dane wskutek awarii serwera lub ataku ransomware, może mieć problem nie tylko z codziennym funkcjonowaniem, ale również z realizacją obowiązków podatkowych.

W przypadku korzystania z oprogramowania chmurowego dobrze sprawdzić zasady tworzenia kopii zapasowych, dostęp do archiwum i możliwość wyeksportowania danych po zakończeniu współpracy z dostawcą.

Dokumenty przekazywane organowi podatkowemu powinny trafiać wyłącznie przez odpowiednie, bezpieczne kanały. Nie należy wysyłać pełnych baz księgowych na przypadkowy adres e-mail ani udostępniać pracownikom urzędu nieograniczonego dostępu administracyjnego do firmowego systemu.

Jak długo przechowywać dokumentację podatkową?

Podstawowa zasada wynikająca z Ordynacji podatkowej wiąże obowiązek przechowywania ksiąg i dokumentów podatkowych z terminem przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Zobowiązanie podatkowe co do zasady przedawnia się po pięciu latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.

Nie zawsze oznacza to, że dokument można usunąć dokładnie pięć lat po jego wystawieniu.

Znaczenie mają między innymi termin płatności podatku, ewentualne zawieszenie lub przerwanie biegu przedawnienia oraz szczególne obowiązki dotyczące określonych dokumentów.

Inne zasady dotyczą faktur ustrukturyzowanych przechowywanych w KSeF. System przechowuje je przez 10 lat, licząc od końca roku, w którym zostały wystawione. Jeżeli po tym czasie nadal istnieje obowiązek przechowywania faktury, przedsiębiorca musi zapewnić dostęp do niej poza KSeF.

Nie warto zatem ustalać jednego terminu automatycznego usuwania wszystkich plików firmowych.

Przedsiębiorstwo powinno mieć politykę archiwizacji uwzględniającą różne rodzaje dokumentów, obowiązujące okresy przechowywania i możliwość ich odtworzenia.

Co zrobić po otrzymaniu zawiadomienia o kontroli?

Pierwszym krokiem powinno być sprawdzenie, jaki organ prowadzi sprawę, czego dotyczy kontrola i jaki okres rozliczeniowy będzie analizowany.

Trzeba również ustalić, czy otrzymane pismo jest zawiadomieniem o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, wezwaniem w ramach czynności sprawdzających czy dokumentem dotyczącym innego postępowania.

Ma to znaczenie, ponieważ procedury nie są identyczne.

W przypadku kontroli podatkowej zasadą jest wcześniejsze zawiadomienie podatnika. Kontrola rozpoczyna się zwykle nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia, chyba że zastosowanie mają przewidziane prawem wyjątki.

Po otrzymaniu pisma należy ustalić, które dokumenty są objęte żądaniem, kto odpowiada za ich przygotowanie i czy firma ma wszystkie potrzebne informacje.

Nie trzeba od razu eksportować całej bazy księgowej. Najpierw należy ustalić zakres uprawnionego żądania organu.

Jeżeli dokumenty przygotowuje biuro rachunkowe, warto niezwłocznie przekazać mu informację o kontroli. Przy większej liczbie transakcji potrzebna może być także pomoc dostawcy oprogramowania księgowego.

Wszelkie wyjaśnienia i przekazywane materiały dobrze dokumentować. Dzięki temu przedsiębiorca będzie mógł później ustalić, jakie informacje zostały udostępnione i w odpowiedzi na które wezwanie.

Czy warto przeprowadzić wewnętrzną kontrolę podatkową?

Tak, szczególnie w firmach, które prowadzą dużą liczbę transakcji lub korzystają z kilku systemów informatycznych.

Wewnętrzny przegląd nie musi oznaczać kosztownego audytu całej działalności. Można rozpocząć od wybranego miesiąca i sprawdzić, czy dane sprzedażowe, faktury, płatności i ewidencje podatkowe są spójne.

Przykładowo firma handlowa może porównać wartość sprzedaży z systemu e-commerce z danymi w programie fakturowym i rejestrze VAT.

Jeśli pojawią się różnice, trzeba ustalić ich przyczyny. Mogą wynikać z korekt, różnych momentów ujęcia transakcji, zwrotów lub błędów w integracji.

W przedsiębiorstwie produkcyjnym przydatne może być natomiast sprawdzenie, czy dokumenty magazynowe są zgodne z zakupami materiałów i wydaniami produktów.

Wyniki takiej weryfikacji powinny prowadzić do rzeczywistego wyjaśnienia i poprawienia nieprawidłowości. Nie należy usuwać wcześniejszych zapisów ani modyfikować dokumentów w sposób ukrywający historię operacji.

Jeśli przegląd ujawni błędy w złożonych deklaracjach, może być konieczne przygotowanie odpowiednich korekt podatkowych. Ich dopuszczalność i skutki trzeba ocenić również w kontekście ewentualnie prowadzonej już kontroli lub postępowania.

Jak zorganizować firmę, żeby kontrola nie zakłóciła pracy?

Najlepsze przygotowanie polega na wdrożeniu kilku zasad w codziennej obsłudze dokumentów.

Faktury powinny trafiać do księgowości na bieżąco, a nie dopiero pod koniec miesiąca. Dokumenty dotyczące konkretnych projektów lub zamówień warto odpowiednio oznaczać, aby później można było ustalić ich związek z prowadzoną działalnością.

Dobrze też rozdzielić obowiązki między pracowników. Osoba wystawiająca faktury odpowiada za poprawność danych sprzedażowych, pracownik magazynu za dokumentację towarową, a księgowość za właściwe ujęcie podatkowe.

W niewielkim przedsiębiorstwie kilka funkcji może wykonywać jedna osoba. Ważne jednak, żeby wiadomo było, kto odpowiada za poszczególne informacje.

Przydatne są okresowe uzgodnienia danych i sprawdzanie poprawności eksportów JPK. Jeśli program umożliwia automatyczne tworzenie zestawień, część kontroli można wykonywać regularnie bez dodatkowej pracy.

Nie chodzi przy tym o przygotowywanie dokumentów wyłącznie pod urząd skarbowy. Uporządkowana ewidencja pomaga również przedsiębiorcy lepiej kontrolować koszty, należności, stan magazynu i wyniki finansowe.

Firma dobrze przygotowana do elektronicznej kontroli podatkowej potrafi szybko odnaleźć dokument, wykazać jego związek z transakcją i odtworzyć sposób rozliczenia.

To znacznie ważniejsze niż samo posiadanie programu obsługującego JPK. Oprogramowanie ułatwia przekazywanie danych, ale o jakości dokumentacji decyduje sposób jej prowadzenia przez cały rok.