Checklista dokumentów przed kontrolą skarbową

Nie jest to najlepszy sposób przygotowania.

Kontrola ma określony zakres. Może dotyczyć np. VAT za kilka miesięcy, podatku dochodowego za jeden rok, konkretnych transakcji albo określonego kontrahenta. Pierwszym zadaniem powinno być więc ustalenie, czego urząd rzeczywiście będzie szukał, a dopiero później kompletowanie dokumentów.

Od niedawna jest to trochę łatwiejsze. Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli przedsiębiorcy zawiera wstępną listę dokumentów i informacji, których organ spodziewa się podczas kontroli.

To najlepszy punkt wyjścia do przygotowań.

Najpierw przeczytaj zawiadomienie, nie sam nagłówek

Przy typowej kontroli podatkowej przedsiębiorca jest co do zasady wcześniej zawiadamiany o zamiarze jej wszczęcia.

Kontrola może rozpocząć się nie wcześniej niż po 7 dniach i przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Jeżeli urząd chciałby rozpocząć ją wcześniej, potrzebna jest zgoda lub wniosek kontrolowanego. Istnieją jednak przypadki, w których wcześniejszego zawiadomienia nie ma.

Dlatego z otrzymanego pisma trzeba wypisać cztery rzeczy:

Przykład:

kontrola dotyczy VAT za okres od stycznia do czerwca i odliczenia podatku od zakupów związanych z inwestycją.

Nie ma wtedy sensu zaczynać przygotowania od umów o pracę z 2022 roku czy wszystkich faktur sprzedażowych z ostatnich pięciu lat.

Trzeba zacząć od dokumentacji inwestycji i rozliczeń VAT z kontrolowanego okresu.

Kontrola podatkowa i celno-skarbowa to nie to samo

W języku potocznym obie sytuacje nazywa się „kontrolą skarbową”, ale procedury są różne.

Zwykłą kontrolę podatkową prowadzi najczęściej urząd skarbowy na podstawie Ordynacji podatkowej.

Kontrolę celno-skarbową prowadzi naczelnik urzędu celno-skarbowego. Jest to procedura stosowana przede wszystkim przy poważniejszych ryzykach podatkowych i może rozpocząć się bez wcześniejszego zawiadomienia o zamiarze kontroli.

Dlatego pierwszą rzeczą po otrzymaniu dokumentów z KAS powinno być sprawdzenie ich tytułu i podstawy prawnej.

Ma to znaczenie również dla możliwości poprawienia deklaracji.

W kontroli celno-skarbowej podatnik ma obecnie 14 dni od doręczenia upoważnienia na złożenie deklaracji albo korekty dotyczącej zakresu objętego kontrolą. Kolejna możliwość pojawia się po otrzymaniu wyniku kontroli – również w określonym terminie.

Nie należy więc odkładać analizy pisma „na przyszły tydzień”, zwłaszcza jeśli firma sama podejrzewa, że w rozliczeniach może znajdować się błąd.

Checklista: co przygotować przed kontrolą?

Nie każda firma będzie potrzebowała wszystkich poniższych dokumentów. Lista powinna zostać zawężona do okresu i zakresu wskazanego przez urząd.

1. Dokumenty formalne związane z samą kontrolą

□ zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli,
□ upoważnienie do przeprowadzenia kontroli – po jego doręczeniu,
□ korespondencja z urzędem,
□ otrzymane wezwania i wskazana przez urząd lista dokumentów,
□ udzielone pełnomocnictwa, jeśli przedsiębiorcę będzie reprezentowała inna osoba,
□ książka kontroli wraz z dokumentacją wcześniejszych kontroli.

Przedsiębiorca nadal ma obowiązek prowadzić i przechowywać książkę kontroli. Może mieć ona formę papierową albo elektroniczną.

Nie należy jej tworzyć dopiero podczas wizyty urzędnika, jeśli firma miała wcześniej inne kontrole.

Faktury sprzedażowe i zakupowe

Przy większości kontroli podatkowych szybko pojawią się dokumenty sprzedaży i zakupów.

Warto przygotować:

□ faktury sprzedaży,
□ faktury zakupowe,
□ faktury korygujące,
□ dokumentację zaliczek,
□ dokumenty dotyczące transakcji zagranicznych, jeśli są objęte kontrolą,
□ dokumenty spoza KSeF, jeżeli występowały w badanym okresie.

Po wejściu obowiązkowego KSeF nie oznacza to konieczności drukowania tysięcy faktur ustrukturyzowanych.

Znacznie ważniejsze jest sprawdzenie, czy dane znajdujące się w programie księgowym, KSeF oraz JPK są ze sobą zgodne.

Przykładowo faktura sprzedaży znajduje się w KSeF, ale w księgowości została ujęta w innym okresie albo z inną wartością VAT. Sam fakt, że urząd ma dostęp do faktury, nie rozwiązuje problemu. Wręcz przeciwnie – rozbieżność staje się łatwiejsza do wychwycenia.

Faktury przechowywane w KSeF znajdują się tam przez 10 lat, licząc od końca roku, w którym zostały wystawione. Nie ma więc potrzeby tworzenia drugiego papierowego archiwum tylko na potrzeby ewentualnej kontroli.

Trzeba jednak nadal przechowywać dokumenty, których KSeF nie obejmuje.

Księgi i ewidencje

Kolejny zestaw dokumentów zależy od sposobu rozliczania firmy.

Może chodzić o:

□ księgi rachunkowe,
□ podatkową księgę przychodów i rozchodów,
□ ewidencję przychodów na ryczałcie,
□ ewidencje VAT,
□ ewidencję środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych,
□ dodatkowe ewidencje wymagane dla konkretnego rodzaju działalności.

Nie wystarczy mieć samych faktur.

Organ może sprawdzać, czy dokument został prawidłowo ujęty w księgach, we właściwym okresie i z właściwą wartością.

W 2026 roku ma to jeszcze większe znaczenie ze względu na rozszerzanie obowiązku prowadzenia i przekazywania ksiąg dla podatków dochodowych w strukturach JPK.

Dla lat podatkowych rozpoczynających się po 31 grudnia 2025 r. obowiązek elektronicznego prowadzenia odpowiednich ksiąg i późniejszego przekazywania JPK dla podatków dochodowych objął kolejną dużą grupę przedsiębiorców – podatników PIT i CIT zobowiązanych do miesięcznego JPK_VAT.

Firma powinna więc przed kontrolą sprawdzić nie tylko, czy księgowość „ma dane”, ale także czy program potrafi prawidłowo wygenerować wymagane struktury.

Przygotuj się na JPK na żądanie

Urząd może zażądać Jednolitego Pliku Kontrolnego również w trakcie kontroli, postępowania podatkowego albo czynności sprawdzających.

W zależności od sytuacji może chodzić między innymi o:

□ JPK_FA – faktury,
□ JPK_MAG – magazyn,
□ JPK_WB – wyciągi bankowe,
□ JPK_KR – księgi rachunkowe,
□ JPK_PKPIR,
□ JPK_EWP.

Jeżeli urząd zażąda JPK, wyznaczony termin nie może być krótszy niż 3 dni.

To niewiele, jeśli firma dopiero wtedy odkryje, że używany program nie potrafi wygenerować pliku albo archiwalne dane znajdują się w starej aplikacji, do której nikt nie pamięta hasła.

Dlatego test eksportu JPK dobrze wykonać przed kontrolą.

Nie trzeba plików wysyłać wcześniej bez wezwania. Wystarczy upewnić się, że można je wygenerować.

Bank i potwierdzenia płatności

Faktura potwierdza transakcję, ale w wielu sprawach urząd będzie również zainteresowany przepływem pieniędzy.

W zależności od zakresu kontroli mogą być potrzebne:

□ wyciągi bankowe,
□ potwierdzenia przelewów,
□ dokumentacja płatności gotówkowych,
□ raporty z operatorów płatności,
□ rozliczenia kart,
□ dokumentacja podzielonej płatności,
□ ZAW-NR, jeżeli płatność została wykonana na rachunek spoza właściwego wykazu i firma korzystała z tego zawiadomienia.

Nie warto natomiast przygotowywać całej historii wszystkich rachunków firmy, jeśli urząd żąda potwierdzenia pięciu konkretnych płatności.

Przekazywany materiał powinien odpowiadać zakresowi kontroli.

Sama faktura może nie wystarczyć

To szczególnie ważne przy kontroli kosztów i odliczenia VAT.

Urząd może nie ograniczyć się do pytania:

„Czy firma ma fakturę?”

Może chcieć ustalić, czy transakcja rzeczywiście miała miejsce.

Załóżmy, że przedsiębiorca odliczył VAT z faktury na 120 000 zł za usługę doradczą.

Faktura jest poprawna formalnie. Płatność została wykonana.

Kontrolujący może jednak zapytać:

co dokładnie wykonał kontrahent?

Wtedy przydają się:

□ umowa,
□ zamówienie,
□ oferta,
□ protokół odbioru,
□ raport z wykonania usługi,
□ korespondencja dotycząca zlecenia,
□ dokumentacja powstała w wyniku wykonania usługi.

Przy zakupie towaru odpowiednikiem mogą być WZ, list przewozowy, potwierdzenie odbioru czy dokument magazynowy.

Najczęstszy problem nie polega więc na braku faktury. Firma ma fakturę, ale po trzech latach nikt nie potrafi pokazać, co właściwie zostało za nią kupione.

Umowy z kontrahentami

Jeżeli kontrola dotyczy określonych przychodów albo kosztów, dobrze od razu znaleźć właściwe umowy.

Sprawdź:

□ umowy handlowe,
□ aneksy,
□ zamówienia,
□ cenniki i warunki współpracy,
□ protokoły odbioru,
□ uzgodnienia dotyczące rabatów, bonusów czy zwrotów.

Szczególnie ważne są przypadki, w których faktura sama nie pokazuje pełnego obrazu transakcji.

Firma otrzymuje pod koniec roku od dostawcy korektę na 70 000 zł z tytułu bonusu obrotowego. Bez umowy albo regulaminu premii trudno zrozumieć, skąd ta kwota się wzięła.

Dobrze przygotowana dokumentacja pozwala odpowiedzieć na takie pytanie jednym dokumentem zamiast tygodniem szukania starych e-maili.

Środki trwałe i duże zakupy

Jeżeli kontrola obejmuje koszty albo amortyzację, trzeba przejrzeć również majątek firmy.

Przydatne mogą być:

□ ewidencja środków trwałych,
□ faktury zakupu,
□ dokumenty przyjęcia do użytkowania,
□ dowody poniesienia kosztów transportu, montażu i uruchomienia,
□ dokumentacja ulepszeń i remontów,
□ umowy leasingowe,
□ dokumenty likwidacji lub sprzedaży środka trwałego.

Przykładowo firma amortyzuje urządzenie o wartości 200 000 zł, ale faktura opiewa na 170 000 zł.

Kontrolujący może zapytać, skąd wzięła się pozostała część wartości początkowej.

Odpowiedzią mogą być faktury za transport, montaż i przygotowanie maszyny do pracy.

Magazyn musi zgadzać się nie tylko w Excelu

W firmach handlowych kontrola może objąć również gospodarkę magazynową.

Warto wtedy przygotować:

□ PZ,
□ WZ,
□ MM,
□ korekty magazynowe,
□ protokoły braków i likwidacji,
□ wyniki inwentaryzacji,
□ spisy z natury,
□ dokumentację zwrotów.

Organ podatkowy może także zażądać przeprowadzenia spisu z natury.

Jeżeli system pokazuje 500 sztuk produktu, a fizycznie znajduje się 320, nie warto czekać na kontrolę z ustaleniem, dlaczego powstała różnica.

Powodem może być sprzedaż niewprowadzona do magazynu, uszkodzenia, kradzież, zwroty, błędne dokumenty albo źle przeprowadzona inwentaryzacja.

Każda z tych przyczyn ma inne znaczenie.

Kasa fiskalna i sprzedaż detaliczna

Jeżeli firma prowadzi sprzedaż B2C, mogą być potrzebne również dane z kasy.

W zależności od kontrolowanego okresu i rodzaju działalności dobrze mieć dostęp do:

□ raportów fiskalnych,
□ ewidencji zwrotów i reklamacji,
□ dokumentacji oczywistych pomyłek,
□ danych dotyczących sprzedaży zaewidencjonowanej na kasie,
□ dokumentów związanych z wystawianiem faktur do sprzedaży zarejestrowanej na kasie.

KSeF nie zastąpi tych danych. Paragony fiskalne nie są wystawiane przez KSeF.

Transakcje zagraniczne wymagają osobnego segregatora – przynajmniej wirtualnego

Przy WDT, eksporcie, imporcie czy usługach zagranicznych sama faktura ponownie może nie wystarczyć.

W zależności od rodzaju transakcji mogą być potrzebne:

□ potwierdzenia VAT-UE/VIES,
□ dokumenty transportowe,
□ potwierdzenia dostawy,
□ dokumenty celne,
□ VAT-UE,
□ rozliczenia OSS,
□ dokumentacja dotycząca miejsca świadczenia usług.

Przykładowo firma zastosowała 0% VAT przy WDT.

Podczas kontroli nie wystarczy powiedzieć:

„klient był z Niemiec”.

Trzeba być w stanie wykazać warunki zastosowania stawki 0%, w tym odpowiednią identyfikację kontrahenta i przemieszczenie towarów do innego państwa UE.

Ulgi podatkowe trzeba umieć udowodnić

Jeżeli firma korzystała z preferencji podatkowych, dokumentacja również powinna być łatwo dostępna.

Dotyczy to np. ulg inwestycyjnych, działalności badawczo-rozwojowej, IP Box, określonych zwolnień czy innych preferencji.

Nie wystarczy samo wyliczenie kwoty w deklaracji.

Trzeba przygotować dokumenty pokazujące, z czego wynika prawo do ulgi i jak obliczono jej wartość.

To samo dotyczy bardziej skomplikowanych rozliczeń dotyczących podmiotów powiązanych, cen transferowych czy podatku u źródła. Jeżeli właśnie ten obszar jest objęty kontrolą, dokumentację należy przygotować zgodnie z wymaganiami właściwymi dla tych przepisów, a nie ograniczać się do standardowego zestawu faktur.

Nie zapomnij o zgodności dokumentów między systemami

Przed kontrolą dobrze zrobić jedną rzecz, której nie widać w żadnym segregatorze.

Porównać dane.

Sprzedaż w systemie fakturowym powinna dać się uzgodnić z księgowością. Dane księgowe powinny odpowiadać wysłanym JPK. Faktury objęte KSeF powinny zgadzać się z dokumentami ujętymi w ewidencji. Przelewy powinny odpowiadać rozrachunkom.

Warto poszukać zwłaszcza takich sytuacji:

faktura jest w KSeF, ale nie ma jej w księgach,
faktura została zaksięgowana dwa razy,
korekta znajduje się w systemie sprzedażowym, ale nie w księgowości,
kwota w JPK różni się od wartości dokumentu,
faktura jest oznaczona jako zapłacona, ale nie ma odpowiadającej jej wpłaty,
sprzedaż znajduje się w magazynie, ale nie została zafakturowana.

Takie błędy są znacznie łatwiejsze do poprawienia przed rozpoczęciem kontroli niż wyjaśniania podczas przesłuchania księgowej.

Czy przed kontrolą można poprawić błędy?

Otrzymanie zawiadomienia nie powinno powodować odruchu:

„niczego już nie dotykamy”.

Trzeba sprawdzić, czy przedsiębiorcy nadal przysługuje prawo do złożenia korekty w danym zakresie i na jakim etapie procedury się znajduje.

Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej zawiera pouczenie dotyczące prawa do korekty.

Jeżeli podczas przygotowania firma odkryje ewidentny błąd – np. pominiętą fakturę sprzedaży – warto od razu przeanalizować z księgowością sposób jego poprawienia.

Nie należy natomiast wykonywać chaotycznie kilkudziesięciu korekt tylko po to, żeby „coś poprawić przed kontrolą”.

Każdą zmianę trzeba umieć później wyjaśnić.

Wyznacz jedną osobę do kontaktu z kontrolującymi

Dokumenty to połowa przygotowania.

Druga połowa to organizacja komunikacji.

W firmie powinno być jasne, kto:

odbiera pisma,
kontaktuje się z kontrolującymi,
przekazuje dokumenty,
zbiera informacje od księgowości,
udziela wyjaśnień.

Jeżeli pięciu pracowników niezależnie odpowiada na pytania urzędu, szybko mogą pojawić się sprzeczne informacje.

Nie oznacza to ukrywania czegokolwiek.

Chodzi o to, żeby odpowiedzi były sprawdzone, a przekazywane dokumenty dokładnie odpowiadały temu, o co poprosił organ.

Jeżeli przedsiębiorca nie będzie osobiście zajmował się kontrolą, trzeba odpowiednio wcześniej uporządkować kwestię reprezentacji i pełnomocnictw.

Ile może trwać kontrola?

W przypadku przedsiębiorców Prawo przedsiębiorców przewiduje limity czasu kontroli jednego organu w roku kalendarzowym.

Obecnie wynoszą one co do zasady:

Dla mikroprzedsiębiorców limit został skrócony z wcześniejszych 12 dni.

Nie jest to jednak bezwzględna gwarancja, że każda kontrola zakończy się dokładnie w takim terminie. Prawo przewiduje wyjątki oraz szczególne zasady przedłużenia kontroli. Ograniczenia Prawa przedsiębiorców nie znajdują też zastosowania w każdej procedurze prowadzonej przez KAS w identyczny sposób.

Dlatego nie warto planować strategii:

„nie damy im dokumentów przez sześć dni i kontrola się skończy”.

Brak współpracy może tylko pogorszyć sytuację.

Ostatnia kontrola przed kontrolą

Na dzień lub dwa przed rozpoczęciem dobrze przejść przez krótki test.

□ Czy znamy dokładny zakres kontroli?
□ Czy zebraliśmy dokumenty wskazane w zawiadomieniu?
□ Czy księgi zgadzają się z deklaracjami i JPK?
□ Czy faktury z KSeF są prawidłowo ujęte w księgowości?
□ Czy potrafimy wygenerować wymagane JPK?
□ Czy mamy umowy i dowody wykonania większych transakcji?
□ Czy rozrachunki zgadzają się z bankiem?
□ Czy ewidencja środków trwałych odpowiada dokumentom zakupu?
□ Czy magazyn i inwentaryzacja nie wykazują niewyjaśnionych różnic?
□ Czy dokumentacja transakcji zagranicznych jest kompletna?
□ Czy wiemy, kto reprezentuje firmę i kontaktuje się z urzędem?
□ Czy wykryte błędy zostały przeanalizowane z księgowością przed rozpoczęciem kontroli?

Jeżeli na któreś z tych pytań odpowiedź brzmi „nie wiadomo”, właśnie od tego miejsca warto zacząć.

Dobrze przygotowana firma nie musi mieć na stole dwudziestu segregatorów. Powinna przede wszystkim umieć szybko pokazać dokument potwierdzający konkretną transakcję i wyjaśnić, jak trafiła ona od faktury lub umowy przez płatność i księgowość aż do deklaracji podatkowej.

Kontrola jest znacznie trudniejsza wtedy, gdy każda odpowiedź wymaga szukania dokumentu przez trzy dni. Porządek przed kontrolą nie polega więc na drukowaniu wszystkiego. Polega na tym, żeby wiedzieć co firma ma, gdzie to znajduje się i jak poszczególne dane łączą się ze sobą.